샤아 아즈나블은 하만 칸의 죽음으로 무너진 네오지온을 재건하고, 지구인들을 숙청하기로 한다.
역전의 함장인 브라이트 노아와 연방군 최고의 파일럿인 아무로 레이가 소속된 지구연방군
그 독립 부대의 론도 벨은 신생 네오지온의 불온한 움직임을 포착하고
샤아에게 속은 연방 정부를 대신하여 전투를 벌여나간다.